Школа была образована в 1920 году.
На протяжении десятков лет гимназия № 42 – одна из самых престижных в крае. В разные годы она была подшефной учебной площадкой Сибирского отделения Академии наук. Ещё в советское время в ней проводили эксперимент по преподаванию дисциплин политехнического цикла. Школа стала первой в крае, где установили электронно-вычислительные машины и начали преподавать программирование. Статус гимназии она получила в 1991 году. Сегодня она тоже регулярно попадает в различные рейтинги и списки лучших школ страны.
В 2024 году гимназию № 42 включили в топ-300 самых конкурентоспособных школ России. Она по-прежнему входит в 100 лучших образовательных учреждений Национальной образовательной программы «Интеллектуально-творческий потенциал России».